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RNAi 

RNAi起源

相关名称

RNAi原理

RNA设计

RNA合成



  

  

  

 

 

 
                 RNAi技术的专有名词

1.RNAi:(RNA interference)RNA干扰

一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感染的一种重要保护机制。

2.siRNA:(small interfering RNAs)小干扰RNA

一种短片断双链RNA分子,能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA,这个过程就是RNA干扰途径(RNA interference pathway)。

3.shRNAs:(RNA-Short hairpin RNAs)短发夹RNA是设计为能够形成发夹结构的非编码小RNA分子,短发夹RNA能够通过RNA干扰来抑制基因的表达。Thomas Rosenquist's group和Greg Hannon's group联合研究了在哺乳动物种系细胞中shRNAs的转移导致基因长时间稳定沉默的机制。

4.bp:(Base Pair)碱基对两个碱基(A和T,或者C和G)之间靠氢键结合在一起,形成一个碱基对。DNA的两条链就是靠碱基对之间的氢键连接在一起,形成双螺旋结构。

5.Base sequence:碱基序列DNA分子中碱基的排列顺序。

6.Base Sequence Analysis:碱基序列分析分析出DNA分子中碱基序列的方法(这种方法有时能够全自动化)
cDNA:参见互补DNA。

7.cDNA:互补DNA以信使RNA为模板合成的DNA,常常采用互补DNA的一条链作为绘制物理图谱时的探针。

8.Complementary sequence:互补序列以一条核苷酸链为模板,根据碱基互补规则形成的互补链,称为该模板的互补序列。

9.Genomic Library:基因组文库对某个染色体,制备随机产生的、相互之间有重叠部分的片段的克隆。

10.RISC:(RNA-induced silencing complex)RNA诱导沉默复合物

在RNAi效应阶段,siRNA双链结合一个核酶复合物从而形成所谓RNA诱导沉默复合物。激活RISC需要一个ATP依赖的将siRNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3'端12个碱基的位置切割mRNA(3, 18, 27, 29)。尽管切割的精确机制现在还是未知,研究表明每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。

11.Dicer:Dicer酶

RNaseIII家族中特异识别双链RNA的一员,能以一种ATP依赖的方式逐步(processive)切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为19—21bp的双链RNAs(siRNAs),每个片断的3'端都有2个碱基突出(27, 28)。

12.PTGS:(Post-transcriptional Gene Silencing ,PTGS)转录后基因沉默部分的植物中的基因沉默是在转录后发生的。它是相对于部分植物中发生的转录阶段的基因沉默(TGS)而言的。

13. TGS:(transcriptional gene silencing)转录阶段基因沉默

14.gene silence:基因沉默

研究结果发现有大量的转基因植株不能正常表达,通常这并不是由于转基因的缺失或突变引起的,而是基因失活的结果.这种失活的现象称为基因沉默。

15.RNA transfection:RNA转染。

16.Sense RNA:正义链RNA

17.Antisense RNA:反义链RNA。

18.19+2+2 nt siRNA

在细胞中双链RNA一般都被切割成21-23小片段,这样的RNA片段能达到更好的RNAi作用。人工合成的siRNA也是依据这个原理,所合成的RNA就是19nt的碱基序列再加上两端的识别序列如-GG,-TT等。

19.SECs:(siRNA expression cassettes)siRNA表达框架一种由PCR得到的siRNA表达模版,能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。20.Homologies:同源性指同种类不同个体或者不同种类个体之间的,染色体或者蛋白质序列的相似性

21.Homologous Chromosome:同源染色体一对染色体,分别来自父本和母本,染色体上有着相同的线性基因序列。

22.Recombinant Clone:重组克隆将不同来源的DNA片段合成在一个DNA分子中,这种技术称为重组,得到的分子为重组克隆。

23.Ribonucleic acid:核糖核酸RNA从细胞的细胞核和细胞质部分分离出来的化学物质。在蛋白质合成和其他生化反应中起着重要作用,RNA的结构和DNA的结构类似,都是有核苷酸按照一定顺序排列成的长链。RNA可以分为信使RNA、转运RNA、核糖体RNA以及其他类型的RNA。

24.rRNA:
(RNARibonsomal RNA,核糖体)存在于核糖体中的RNA。

25.Ribonsome:核糖体细胞质中含有rRNA和相关蛋白质的细胞器,是蛋白质的合成场所。

26.Transformation:转化将外源DNA整合到某一细胞基因组中的过程。

27.Entrez:

美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。

28.NCBI:(National Center for Biotechnology Information)美国国立生物技术信息中心

为美国国家医学图书馆(NLM)和国家健康协会(NIH)下属部门之一,1988年设立。主要提供生物医学领域的信息学服务,如世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库,PubMed医学文献检索数据库等。

29.GenBank:NIH的基因序列数据库是所有公开的DNA序列的集合 ( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7). 截至1998年12月,GenBank大约收集了 2,162,000,000 个碱基、3,044,000 个序列。

30.Ribosomal RNA:(核糖体RNA,简写为rRNA)

是一组存在于核糖体中的RNA分子。

31.UniGene:美国国家生物技术信息中心提供的公用数据库,该数据库将GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整的基因进行收录。

32.BLAST:(Basic Local Alignment Search Tool)基本的基于局部对准的搜索工具一种快速查找与给定序列具有连续相同片断的序列的技术。是一个序列比对Alignment应用程序。它可以在线选择服务器上的数据库进行序列比较包括DNA/DNARNA/DNA蛋白/蛋白序列比对序列比对的作用很多如同源核酸或蛋白序列的查找引物或探针特异性分析物种进化树的构建等等目前多数网站和软件均提供免费的BLAST的本地或在线检索比较著名的提供序列比对服务有NCBI的BLAST检索如果需要详细了解这个程序可到http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/去具体看一看帮助文件但是上NCBI需要国际代理国内的朋友可通过上海生科院的生物信息中心进行BLAST网址http://bioinfo.biosino.org:8888/blast/ 速度不错

33.RT-PCR:逆转录PCRRT-PCR是以RNA为起始材料经逆转录反应产生cDNA,再以cDNA为模板进行PCR扩增,而获取目的基因或检测基因表达。

34.DNA印迹杂交:(DNA blot hybridization)有两种核酸印迹法:

·将DNA或RNA溶液直接点样于硝酸纤维素膜或尼农膜上(斑点或狭线印迹)
·经琼脂糖凝胶电泳将片段的DNA或RNA转移到膜上(Southern和Northern印迹法)。DNA在电泳前先用限制性内切酶消化。

35.RNA印迹杂交:(RNA blot hybridization)

RNA印迹杂交是一种检测已固定在滤膜上的总RNA或mRNA特定靶序列的技术。

36.RNA酶控制

在实验中前期的质粒的构建和提取是要用到RNAse A这种酶的存在会降解后期要转录生产的RNA 如果前期出现了这个酶的污染就会导致后期实验的失败,而后期转录是又要用到其他的RNA酶,如RNA 聚合酶3等,因此在实验中严格控制好RNA酶是RNA实验的关键,具体的做法是做到DNA,RNA移液器的专用,DNA实验室和RNA实验室的物品和器械分开使用,将实验室中的任务污染源减少至最低。


 

 

 

 
   
 
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